神医毒妃不好惹，这是一个极贴切的形容。
相传前朝大医宗师秦淮因为不受皇帝宠爱而流放荒岛，化腐朽为神奇， 不仅治好了荒岛上的众人疑难病症， 更是练就了一身绝世医术。 入主后宫之后，她以“初心”，“宜如初见”的深情对待本该成为自己婆婆的乾坤王，却因为性格的悖逆，惹上了祸端。为了保住性命，她一步步爬上了后宫，成为惊世骇俗的女后，主宰一方， 政治、谋略、医术、武艺... 都独步天下。
但是这个是与位高权重的皇室家族成亲的，发生了许多曲折，毒妃和太子斗智斗勇，最后和太子联姻。毒妃拥有绝世医术，神医毒妃为皇室治病救人，可跟太子的婚姻生活却是身心受到了重创。太子不信她的医术，误以为她想害死自己，打伤了毒妃的身体而情感上也产生了巨大的阴影。
后宫的纷争，生死存亡之间，她只有靠着自己的医术、聪明才智以及精神之力来守护她所珍视的“回忆”。 本以为她的爱情事业都要毁于这一瞬而陨落，却意外地得到了身体中毒的皇子，即使知道自己与他只是利益的相互利用，她还是心甘情愿，为了求生存，她无所不能。为了守护自己的爱情不被人摧毁，毒妃开始联合皇子，用尽一切手段去守护自己所珍爱的人。经过一系列的过程，毒妃治好了他的腿疾，他却想休掉她？！这一幕看的人目瞪口呆。